在外直隸衛所直隸五軍都督府，從管理體制上來說，其不隸屬于所在地都司、行都司管轄。衛所屬于明代軍事系統，地方州縣屬于明代行政系統，兩者處于相互獨立的系統。
但衛所是一個是實體，衛所旗軍及軍余生活在駐守地，衛所屯田散落在周圍州縣，其在方方面面都與周圍社會發生著聯系。
在外直隸衛所和地方政府的關系，在不同的歷史時期有不同的表現。
盡管兩者同屬于不同系統，衛所、地方州縣的目的都是維護地方的穩定。
衛所、地方州縣在面對其共同利益時，他們會合作，相互展現出友好的一面。衛所、地方州縣面對屬于自身的利益時，他們會產生分離、對立，甚至最為嚴重時會產生激烈沖突。
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